校部機關
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黨政辦公室、機關黨委（合署辦公） |
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黨委組織部（黨校）、黨委統戰部（合署辦公） |
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黨委宣傳部、新聞中心（合署辦公） |
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黨委教師工作部、人力資源部（合署辦公） |
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黨委學生工作部、學生工作處、黨委人民武裝部（合署辦公） |
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黨委巡察工作辦公室 |
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紀委辦公室、監察處（合署辦公） |
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发展和改革办公室、發展規劃处（合署办公） |
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研究生院（校學位委員會辦公室） |
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招生就業處 |
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教務處 |
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科研部 |
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科技成果轉移轉化辦公室 |
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國際合作與交流部（含港澳台辦公室）、國際學院（合署辦公） |
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對外聯絡與基金事務處（含教育基金會秘書處，校友總會秘書處） |
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離退休幹部工作處 |
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財務處 |
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審計處 |
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資産與後勤保障處 |
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基本建設處 |
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保衛與校園管理處 |
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團委 |
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工會 |
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保密辦公室 |
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直屬單位
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公共實驗中心 |
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圖書館 |
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網絡信息中心 |
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檔案館（校史館） |
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博物館 |
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出版社 |
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醫院 |
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中科大資産經營有限責任公司 |
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基礎教育集團 |
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附屬中學 |
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飲食服務集團
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